Произношение "долгих" гласных
Когда японцам кажется, что какой-то слог или гласная произносится непростительно долго, то есть дольше чем его "классическое" произношение, то они отмечают это в записи катаканы, ставя длинную горизонтальную черту (как наше тире) после слога или гласной. На самом деле, разобраться, когда звук длится достаточно долго, чтобы отметить это чертой, крайне сложно, так что этот момент важен только для чтения текста. Самому же определить, когда в записи ставить черту, почти невозможно, так как представления русских, англичан и японцев о долготе звуков сильно различаются.
Примечание: почти точным признаком "долгого" звука является удвоение гласной. Почти наверняка вместо удвоенной гласной в записи катаканой надо ставить тире - знак долготы.
Проблема "одинаковых" звуков. "Р - Л", "Х - Ф"
Дело в том, что из-за особеностей своего языка, японцы не различают некоторые звуки, которые для них звучат одинаково. (Ничего смешного! А вы на слух поймете разницу в произношении между "two", "too" и "to"?) Эта особенность относится к "б-в", "джи-дзи", "щи-си" и т.д., но заметнее всего в звуках "р-л" и "х-ф". Поэтому для воспроизведения звука "л" используется ряд буквы "р", а для звука "ф" - ряд буквы "х".
Однако далеко не все были довольны этой системой, поэтому была принята новая форма записи, использующая совмещенне нескольких слогов. Для звука "ф" применяется написание, испульзующее базовый слог "ху". Договорились, что если добавлять к нему гласную, то он будет обозначать слог с буквой "ф". Гласная, используемая для образования нового слога, пишется шрифтом меньшего размера, чтобы показать это. Однако некоторым лень что-то там уменьшать, поэтому не удивляйтесь, если увидите прибавленную к слогу гласную большого (как сам слог) размера - это в порядке вещей.
Полностью истощенное такой грандиозной реформой языка, Министерство образования Японии решило не трогать звук "р", так что привыкайте использовать звук "р" вместо "л", это не так уж страшно.
Образование звуков группы согласной "В"
Вас, наверно, мучает вопрос: если есть только катакана "ва", то как же образуются другие слоги с буквой "в", например "во" или "вэ"? Или они вообще не существуют? Кстати, в японском они и правда, того... не существуют (вернее не отличаются от звука "б"), но все равно присутствуют для записи инородных слов (как и в случае со звуком "ф"). Тут нет единой системы слогообразования, но почти официальный вариант выглядит так:
ワ = wa /ва
ウイ = wi / ви
ウ = wu / ву - он же "u / у"
ウエ = we / вэ
ウオ = wo / во
Продолжаю грузить дальше, ибо со звуком "в" ситуция далеко как непростая, так как в английском языке два звука "в" - это "w" и "v", которые различаются между собой, поэтому в катакане существует еще и запись для звуков группы "v". Эти слоги тоже основываются на гласной "у", но к ним добавляются нигори, так как звук "v" тверже. Дальше прибавляется образующая гласная (маленького размера), и мы получаем готовый слог.
ヴァ = va / ва
ヴィ = vi / ви
ヴ = vu / ву
ヴェ = ve / вэ
ヴォ = vo / во
Примечание: вместо слога "va / ва" может свободно использоваться слог "ba / ба", ибо в японском языке разницу между ними различить не удалось (да ее и нет).
Производное слогообразование
Если есть производные гласные, значит, должны быть некие производные слоги, где эти гласные используются. Если вы думаете именно так, то вы совершенно правы. Правила их образования очень простые. Берется любой базовый слог - "согласная_со_звуком_" и " ", после этого слога пишется уменьшенная "я", "ю" или "ё". Мы получаем новый слог - "согласная_с_производным_звуком", т.е. при произношении старый звук "и" отбрасывается, а вместо него произносится производная гласная.
Примечание: иногда производную гласную пишут того же размера, что и все остальные слоги. В это случае, если она стоит после слога, оканчивающегося на звук "и" (на звук, а не на катакану "и"!), то мы все равно имеем дело с производным слогом. А если она стоит после любого другого слога, кроме "согласная+и", то звучит сама по себе.
Звук "б" отмечается привычными черточками, а "п" - кружочком (ханнигори). 
